La Biblioteca de la Academia Nacional de Medicina Buenos Aires se inició con la donación de una colección de libros que contenía 11.000 volúmenes efectuada por los Dres. Marcelino y Rafael Herrera Vegas en el año 1938.
En ese momento la Institución funcionaba en la calle Parera 119. Al inaugurarse el actual edificio en 1942, fue una de las primeras preocupaciones de sus autoridades la instalación definitiva de la Biblioteca, la que es inaugurada el 18 de abril de 1944 en solemne acto público.
Entre las numerosas donaciones que incrementaron el acervo bibliográfico de la Biblioteca, se destacó la valiosa colección de libros del Dr. Pedro Arata, que enviara su familia, "verdadera joya formada en largo tiempo, que contenía alrededor de 10.000 volúmenes, con una colección selecta de revistas de química en las cinco lenguas más difundidas, además de revistas de carácter médico, colección de tesis, congresos científicos y obras de carácter histórico".
A esta donación siguieron las de los Académicos Mariano R. Castex, Carlos Bonorino Udaondo y Benito Bosch entre otros.
En la actualidad la Biblioteca cuenta con 38.000 volúmenes de libros y 450 títulos de publicaciones periódicas que se reciben en calidad de suscripción, canje y donación.
La Biblioteca no ha permanecido ajena a los avances tecnológicos del área de información. En el año 1986 se incorporó el Servicio de Búsquedas en Bases de Datos on-line en conexión con la National Library of Medicine de Estados Unidos. A partir del año 1988 las bases de datos comienzan a ser editadas en CD-ROM y la Biblioteca incorpora a su servicio las bases MEDLINE y LILACS.
Herramientas de comunicación como el fax, el correo electrónico e Internet permiten dar a conocer la información científica actualizada a las instituciones del interior del país, contribuyendo a suplir la carencia de material bibliográfico del que adolecen las mismas.